A fauna pantaneira é muito rica. Há 650 espécies de aves (no Brasil inteiro estão catalogadas cerca de 1800). A mais espetacular é a arara-azul-grande, uma espécie ameaçada de extinção. Há ainda tuiuiús (a ave símbolo do Pantanal), tucanos, periquitos, garças-brancas, beija-flores (os menores chegam a pesar dois gramas), socós (espécie de garça de coloração castanha), jaçanãs, emas, seriemas, papagaios, colhereiros, gaviões, carcarás e curicacas.
No Pantanal já foram catalogadas mais de 1.100 espécies de borboletas. Contam-se mais de 80 espécies de mamíferos, sendo os principais a onça-pintada (atinge a 1,2 m de comprimento, 0,85 cm de altura e pesa até 150 kg), capivara, lobinho, veado-campeiro, veado catingueiro, lobo-guará, macaco-prego, cervo do pantanal, bugio (macaco que produz um ruído assustador ao amanhecer), porco do mato, tamanduá, cachorro-do-mato, anta, bicho-preguiça, ariranha, suçuarana, quati, tatu etc.
A região também é extremamente piscosa, já tendo sido catalogadas 263 espécies de peixes: piranha (peixe carnívoro e extremamente voraz), pacu, pintado, dourado, cachara, curimbatá, piraputanga, jaú e piau são algumas das espécies encontradas.
Há uma infinidade de repteis, sendo o principal o jacaré (jacaré-do-pantanal e jacaré-de-coroa), cobra boca-de-sapo (Jararaca), sucuri, Jiboia-constritora,Cobra-d'água, cobras-água e outras), lagartos (iguana, calango-verde) e quelônios (jabuti e cágado).
Flora
A vegetação pantaneira é um mosaico de cinco regiões distintas: Floresta Amazônica, Cerrado,Caatinga, Mata Atlântica e Chaco (paraguaio,argentino e boliviano). Durante a seca, os campos se tornam amarelados e constantemente a temperatura desce a níveis abaixo de 0 °C, e registra geadas, influenciada pelos ventos que chegam do sul do continente.
A vegetação do Pantanal não é homogênea e há um padrão diferente de flora de acordo com o solo e a altitude. Nas partes mais baixas, predominam as gramíneas, que são áreas de pastagens naturais para o gado — a pecuária é a principal atividade econômica do Pantanal. A vegetação de cerrado, com árvores de porte médio entremeadas de arbustos e plantas rasteiras, aparece nas alturas médias. Poucos metros acima das áreas inundáveis, ficam os capões de mato, com árvores maiores como angico, ipê e aroeira.
Em altitudes maiores, o clima árido e seco torna a paisagem parecida com a da caatinga, apresentando espécies típicas como o mandacaru, plantas aquáticas, piúvas (da família dos ipês com flores róseas e amarelas), palmeiras, orquídeas, figueiras e aroeiras.O pantanal possui uma vegetação rica e variada, que inclui a fauna típica de outros biomas brasileiros, como o cerrado, a caatinga e a região amazônica. A camada de lodo nutritivo que fica no solo após as inundações permite o desenvolvimento de uma rica flora. Em áreas em que as inundações dominam, mas que ficam secas durante o inverno, ocorrem vegetações como a palmeira carandá e o paratudal.
Durante a seca, os campos são cobertos predominantemente por gramíneas e vegetação de cerrado. Essa vegetação também está presente nos pontos mais elevados, onde não ocorre inundação. Nos pontos ainda mais altos, como os picos dos morros, há vegetação semelhante à da caatinga, com barrigudas, gravatás e mandacarus. Ainda há a ocorrência de vitória-régia, planta típica da Amazônia. Entre as poucas espécies endêmicas está o carandá, semelhante à carnaúba.
A vegetação aquática é fundamental para a vida pantaneira: imensas áreas são cobertas por batume, plantas flutuantes como o aguapé e a salvínia. Essas plantas são carregadas pelas águas dos rios e juntas formam verdadeiras ilhas verdes, que na região recebem o nome de camalotes. Há ainda no Pantanal áreas com mata densa e sombria. Em torno das margens mais elevadas dos rios ocorre a palmeira acuri, que forma uma floresta de galerias com outras árvores, como o pau-de-novato, a embaúba, o jenipapo e as figueiras.
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